شيخ ناصر بن حمد آل خليفة لديه أربعة أبناء من زوجته الشيخة شيخة بنت محمد بن راشد آل مكتوم:
- الشيخة شيمة بنت ناصر آل خليفة (مواليد 2010)
- الشيخ حمد بن ناصر آل خليفة (مواليد 2012)
- الشيخ محمد بن ناصر آل خليفة (مواليد 2012)
- الشيخ حمدان بن ناصر آل خليفة (مواليد 2015)